Awalnya GPIB “Harapan Indah” Bekasi merupakan Sektor Pelayanan dari GPIB Jemaat “Harapan Kasih” Bekasi Utara, yang berlokasi di Perumahan Harapan Jaya Bekasi. Dimulai pada tanggal 26 Mei 1991, dengan jumlah Kepala Keluarga pada waktu itu 17. Tempat ibadah berada di rumah Kel. Paul Tandirano di Jl. Mawar Indah Blok CI No. 10 Perumahan Harapan Indah Bekasi. Koordinator Sektor saat itu adalah Pnt. Ny. Sophia Admy Tandirano-Latumanuwij, yang menjabat hingga tahun 1993. Koordinator Sektor selanjutnya adalah Pnt. Ny. Santje Maritje Wuisan-Wayong, yang menjabat sampai dengan Pelembagaan.

Selanjutnya pada Oktober s/d Desember 1997 tempat ibadah pindah ke rumah Kel. Jafet Putong di Jl. Mawar Indah III Blok CF No. 10 Perumahan Harapan Indah Bekasi.

Januari 1998, sebuah rumah di Jl. Melati Indah Blok AB No. 5 Perumahan Harapan Indah Bekasi dikontrak selama 2 (dua) tahun untuk digunakan sebagai tempat ibadah.

Pada tanggal 26 September 1999, Sektor Pelayanan “Harapan Indah” Bekasi dilembagakan menjadi GPIB Jemaat “Harapan Indah” Bekasi oleh Majelis Sinode GPIB yang diwakili oleh Pdt. W.K.D. Mengko, B.Th., selaku Ketua III Majelis Sinode GPIB pada saat itu, dengan Ketua Majelis Jemaat Pdt. Jery Tupamahu, S.Th. 

Saat itu baru ada sekitar 80 Kepala Keluarga, yang tersebar pada Perumahan Harapan Indah, Perumahan Pejuang Jaya, Perumahan Pondok Sani, dan Perumahan Taman Harapan Baru.

Dalam perjalanannya sebagai Jemaat mandiri, terjadi perkembangan wilayah pelayanan hingga mencakup tambahan beberapa perumahan, antara lain Permata Harapan Baru, Bulevar Hijau, Griya Harapan Permai, Pejuang Pratama, Duta Bumi, Harapan Indah II, Vila Mutiara Gading, Puri Harapan, dan Candra Baga.

Periode 2001-2002, Jemaat GPIB "Harapan Indah" Bekasi menerima penempatan Vikariat tahun pertama, yaitu Vikaris Arnex Rumangkang, S.Th.

Tahun 2001, GPIB "Harapan Indah" membeli tanah seluas 600m2 di Blok FD No. 14 Perumahan Harapan Indah Bekasi untuk dibangun Rumah Ibadah.

Periode 2002-2003, penempatan Vikariat tahun ke-2, yaitu Vikaris Retno Sumaredi, S.Th., yang kemudian diteguhkan sebagai Pelayan Firman dan sakramen GPIB di GPIB Jemaat  "Harapan Indah" Bekasi pada tanggal 18 Maret 2003.

Tanggal 16 Juli 2006, posisi Ketua Majelis Jemaat GPIB "Harapan Indah" Bekasi dialihtugaskan dari Pdt. Jery Tupamahu, S.Th. kepada Pdt. Dina Haba Akihary, S.Th.

Tahun 2006, rumah tempat ibadah di Blok AB No. 5 Perumahan Harapan Indah Bekasi resmi dibeli dan menjadi milik GPIB "Harapan Indah" Bekasi.

Periode 2011-2012, penempatan Vikariat tahun pertama, yaitu Vikaris Yanres Yolita Taku Neno, S.Si.(Teol.)  

Tanggal 17 Juli 2011, posisi Ketua Majelis Jemaat GPIB “Harapan Indah” Bekasi dialihtugaskan dari Pdt. Ny. Dina Haba-Akihary, S.Th. kepada Pdt. Ny. Hilda Sihasale-Hatalaibessy, M.Min.